Il y a de cela 12 ans, le démon renard à neuf queues entreprit la destruction du village de Konoha, mais le Quatrième Hokage neutralisa ce démon en le scellant dans le corps d'un nouveau né : Naruto Uzumaki. En faisant cela le Quatrième Hokage se sacrifia pour sauver Konoha.
L'histoire commence pendant l'adolescence de Naruto (vers ses 12 ans). Orphelin et éternel cancre et farceur, il fait toutes les bêtises possibles pour se faire remarquer. Son rêve : devenir Hokage afin d'être reconnu par les habitants de son village. En effet, le démon scellé en lui a attisé la crainte et le mépris des autres villageois, qui, avec le temps, ont fini par assimiler Kyûbi à Naruto. Malgré cela, Naruto s'entraîne dur afin de devenir genin, le premier niveau chez les ninjas. Après plusieurs essais, il y parvient à intégrer l'équipe du Jônin Kakashi avec Sakura et Sasuke.



